Organami Miejskiego Przedsiębiorstwa Oczyszczania Sp. z o.o. w Szczecinie są:
- Zarząd
- Rada Nadzorcza
- Zgromadzenie Wspólników.
Zarząd MPO Sp. z o.o.:
- Prezes Zarządu – Karol Walkowiak
Funkcję Głównej Księgowej i Prokurenta sprawuje Marzena Wybranowska.
W skład Rady Nadzorczej wchodzą:
- Michał Przepiera – przewodniczący,
- Michał Kwiecień – wiceprzewodniczący,
- Marek Nielek – sekretarz,
- Kacper Sobczak – członek,
- Krzysztof Nowak – członek,
- Anna Więckiewicz – członek,
- Katarzyna Chełminiak – członek.