Organami Miejskiego Przedsiębiorstwa Oczyszczania Sp. z o.o. w Szczecinie są:
- Zarząd
- Rada Nadzorcza
- Zgromadzenie Wspólników.
Zarząd MPO Sp. z o.o. jest dwuosobowy i stanowi go:
- Prezes Zarządu (jednocześnie Dyrektor) – Karol Walkowiak
- Wiceprezes Zarządu – Marek Jakubowski
Funkcję Głównej Księgowej i Prokurenta sprawuje Marzena Wybranowska.
W skład Rady Nadzorczej wchodzą:
- Michał Przepiera – przewodniczący,
- Paweł Strzelecki – wiceprzewodniczący,
- Marek Nielek – sekretarz,
- Stephane Heddesheimer – członek,
- Krzysztof Nowak – członek,
- Grzegorz Neumann – członek,
- Katarzyna Chełminiak – członek.